שנת 1347, נמל מסינה שבסיציליה.  המלחים על אניה שהפליגה מתחנת מסחר גנואזית בקרים, סובלים ממחלה מסתורית.  בבתי השחי של והמפשעות של המלחים מופיעות בליטות שחורות שגודלן כביצה או כתפוח, המלחים סובלים מכאבים עזים, ולאחר מספר ימים מתים.  איש עוד לא מעלה על דעתו שזוהי התחלה של המגיפה החמורה ביותר הידועה באירופה.  בתוך חודשים ספורים המחלה התפשטה לכל סיציליה, סרדיניה, חלק מצרפת ועוד.  לאחר עוד מספר חודשים כבר כמעט כל דרום אירופה מתמודדת עם המחלה שהמשיכה להתפשט.  הערכות המינימליסטיות ביותר טוענות שבתוך כחמש שנים נהרגו באירופה לא פחות מעשרים מליון איש, רבע מהאוכלוסיה.  הערכות אחרות מדברות אפילו על 40 אחוז תמותה.  גם אם נדבוק בהערכות המינימליסטיות, הרי שמדובר בזוועה איומה.  אוכלוסיית אירופה ראתה את המהירות בה היקרים להם מתו (תוך ימים ספורים מתחילת הסמפטומים), הסבל האיום שמתלווה לכך, ותוסיפו לכך את חוסר היכולת להקל במשהו על הייסורים, והפחד שמא הם הבאים בתור, ואפשר, אולי, להתחיל להבין את האימה שעברה עליהם.   אחת הפרשנויות של הארועים היתה שהאל מעניש את בני האדם.   האפיפיור קלמנס השישי פרסם בולה אפיפיורית בספטמבר 1348 ובה דיבר על "המגיפה ששלח האל בנוצרים".  ההכרה או המחשבה שהאל שלח את המגפה כעונש עוררה שתי תגובות סותרות.  מצד אחד היו אלה שחשבו שאין מה לעשות כנגדה.  ביצירה מימי המגיפה נכתב "אלוהים הוא חרש בימינו, ואינו שומע את זעקתינו, ואין בכוח התפילות להושיע נגד המגיפה".  פרופסור למשפט בשם ברטולוס מססופרטו כתב "בימי המוות הנורא של שנת אדוננו 1348 גברה איבתו של האל על זו של בני האדם".    קשה שלא להרגיש חמלה כלפי אותם אנשים המשוכנעים שהאל בכבודו ובעצמו מתעלל בהם, ואוטם את אוזניו לתפילותיהם ולתחנוניהם.  התגובה השניה היתה הפוכה לחלוטין.  גם כאן נקודת המוצא היתה שהמגיפה היא מעשה ידיו של האל המעניש את האוכלוסיה, אך הפתרון הוא לקיחת אחריות וחזרה בתשובה.  המייצג הקלאסי של הגישה השניה היתה תנועת הפלגלנטים.  הפלגלנטים נקראו כך משורש המילה flagellate, שפירושה הוא להצליף.  הם היו מצליפים על עצמם על מנת לשחזר על גופם את יסוריו של ישוע, והאמינו שבכך הם מכפרים על רשעותם של בני האדם, וכשם שישוע סבל על מנת לכפר על האנושות, גם הם יקנו לאנושות הזדמנות לכפר על עצמה בפני האל.  למען האמת, היה זה הגל השני של התנועה, הגל הראשון היה כמאה שנים לפני כן, באופן לא מפתיע בזמן משבר קיומי אחר, כאשר איטליה סבלה מרעב וממגיפה באמצע המאה ה- 13.  כעת, בעת המגיפה באמצע המאה ה- 14 קמה התנועה לתחיה.  אנשים היו מתקבצים בקבוצות של מאות מאמינים (לרוב בין 200 ל- 300, אך יש כרוניקות המתעדות גם קבוצות של אלף מאמינים), פלג גופם העליון חשוף, והיו מלקים את עצמם בשוטים שאליהם נקשרו מסמרים וחלקי מתכת, על מנת להעצים את הכאב.  בזמן ההלקאה הם היו קוראים לישוע ולבתולה לרחם עליהם ועל העיר בה הם היו נמצאים.  כך הם היו נודדים מעיר לעיר באירופה מוכת המגיפה, וחוזרים על הטקס 3 פעמים ביום.  פעמיים במקום מרכזי בעיר (לרוב בכיכר הכנסיה), ופעם אחת בכמעין טקס פרטי.  אנשים היו מצטרפים לקבוצה למשך 33 ימים וחצי, כמניין שנות חייו של ישוע עד שנצלב.  התנועה צברה מהר מאוד פופולריות.  מאות קבוצות היו נודדות באירופה, ובכל פעם שהגיעו לעיר היו התושבים מקבלים אותם בשמחה והערצה בלתי נסתרת.  לעיתים היו האנשים טובלים בגדים או יריעות בד בדם הניקז מפצעי הפלגלנטים, ושומרים אותם כקמעות או אפילו כשרידי קדושים.  עם העליה בפופולריות החלה גם העליה ביהירות.  הם הפסיקו להסתיר את הבוז והתנגדותם לכנסיה המסורתית.  הם החלו לקחת עליהם את הזכות לשמוע וידויים (חשוב לציין שוידוי נחשב לאחד משבעת הטקסים המקודשים, שבנצרות הקתולית רק לכומר יש את הזכות לערוך), להעניק מחילת עוונות ולהטיל עונשים.  כמרים שניסו לפעול כנגדם נרגמו באבנים על ידי הפלגלנטים עצמם ועל ידי מעריציהם.  היו אף מקומות שהם התפרצו לכנסיות באמצע טקסי הפולחן ופשוט ניסו להשתלט על הכנסיה עצמה.  בנוסף הם עודדו פוגרומים במי שנתפסו כאויבי האל, קרי היהודים.  הם הפיצו את העלילה שהיהודים מרעילים את הבארות.  האפיפיור קלמנס השישי התנגד לפעילותם זאת ופרסם שתי בולות האוסרות על רצח היהודים.  הראשונה פורסמה בשנת 1348, בה הוא אסר לא רק על הרג היהודים ללא משפט, אלא גם על ביזה והמרת דת בכפיה.  הבולה עצרה את ההתקפות על היהודים באביניון ובמקומות נוספים שהיו תחת שליטה ישירה של האפיפיור.  בשנת 1349 שוב פרסם האפיפיור בולה שבה קבע כי אלה המאשימים את היהודים בגרימת המגיפה "פותו ונפלו ברשותו של אותו שקרן, השטן".  הוא טען שהאשמת היהודים במגיפה היא דבר נורא, והעובדה שהמגיפה אינה פוסחת עליהם מוכיחה שלא הם הגורם למגיפה.  את המגיפה הוא הסביר ב"החלטה אלוהית מסתורית".  באווירת הפחד והשנאה באירופה, היתה לבולה הזאת השפעה מוגבלת מאוד.

בסופו של דבר הבינו גם הממסד הכנסייתי וגם השלטון החילוני שהפלגלנטים הפכו לאיום.  ראשי ערים החלו לסגור את שערי העיר בפני הפלגלנטים.  האפיפיור פרסם באוקטובר 1349 בולה נוספת שבה קרא לפיזור התנועה ומאסר חבריה.  האוניברסיטה של פריז ביטלה את טענותיהם להשראה אלוהית.  פיליפ החמישי מלך צרפת אף הגדיל לעשות והכריז כי מי שילקה את עצמו בפומבי יוצא להורג.  הפלגלנטים התפזרו ונסו על חייהם באותה מהירות שבה הם הופיעו.